Станция открыта 3 ноября 1967 года в составе участка «Василеостровская» — «Площадь Александра Невского». Получила название из-за расположения наземного вестибюля во дворе одноимённого универмага.

Станция имеет два наземных вестибюля. Первый встроен в здание универмага "Гостиный Двор" на пересечении Невского проспекта и Садовой улицы. Второй вестибюль встроен в Дом Энгельгардта, расположенный на пересечении Невского проспекта и набережной канала Грибоедова. Также имеется пересадка на станцию "Невский Проспект" Московско-Петроградской линии. Станции соединены тоннельным переходом и малыми эскалаторами.

"Гостиный Двор" — станция закрытого типа ("горизонтальный лифт") глубокого заложения (глубина — 56 метров). Самая длинная станция на линии. Первая станция метро в Ленинграде, оборудованная четырьмя лентами эскалаторов в одном наклонном ходе.

Стены перронного зала облицованы белым мрамором. На них укреплены указатели на белом (молочном) стекле. Также на стенах станции много позже были прикреплены рекламные световые короба, которые во многом закрыли белый мрамор стен. Станционные двери гладкие, покрашены в чёрный цвет. По всей длине зала наверху стены установлены алюминиевые карнизы, за которыми размещаются светильники. Пол выполнен из тёмно-серого камнегорского гранита. Навигация осуществляется с помощью информационных указателей, прикреплённых к своду станций.