Станция открыта 2 апреля 2005 года в составе участка «Старая Деревня» — «Комендантский проспект». Наименование получила по расположению на одноимённом проспекте. До ввода в эксплуатацию участка «Достоевская» — «Спасская» 7 марта 2009 года вместе со всеми станциями от станции "Садовая" входила в состав Правобережной линии.

Станция не имеет наземных вестибюлей. Вход в подуличный вестибюль осуществляется через подземный переход, расположенный рядом с Комендантской площадью. Имеется четыре выхода из метро по обе стороны Комендантского проспекта. Входы и выходы в метро оснащены пандусами для инвалидов. Впервые в истории Петербургского метрополитена входы в подземный переход перекрыты лёгкими павильонами, выполненными из металла и прозрачного материала — триплекса.

"Комендантский Проспект" — колонно-стеновая трёхсводчатая станция глубокого заложения (глубина — 78 метров).

Тема художественного оформления станции — небо и воздухоплавание. Доминирующим цветом станции является небесно-голубой. Изначально в отделке планировалось использовать мрамор, но впоследствии камень был заменён нетрадиционными материалами. Впервые в истории Петербургского метрополитена в облицовке стен и потолка станции использовали металлокерамические плиты. На панно, установленном над эскалаторным ходом, изображены серые фигуры авиаторов, будто сошедшие со старых газетных полос, на фоне голубого неба и самолётов. Нижняя часть увенчана надписью «Слава в веках первым российским авиаторам». Сюжет этой героико-исторической мозаики предопределился топонимикой района, в которой расположена станция. Панно напоминает, что в окрестностях находился Комендантский аэродром, связанный с первыми шагами русской авиации и её военной историей.

Короткие стенки, прерывающие ряды колонн, украшены восемнадцатью мозаичными медальонами. На четырёх изображены портреты лётчиков и конструкторов, именами которых названы местные улицы: Уточкин, Поликарпов, Ильюшин, Котельников. На двенадцати изображения воздушных боёв. На двух памятные надписи.